Werbőczy István az 1514. évi országgyűlésen mutatta be hatalmasságát. De a következménye az lett, hogy a nemesség nem fogott fegyvert a török ellen. Werbőczy a nógrádi köznemesi párt vezére volt. Az Ipolytól délre szerzett nagybirtokokat, többek között ezen a vidéken is. Alsópetényben temették el.
A mohácsi vészt követően a rendszeres török hódoltság az 1544. évi hadjárattal vette kezdetét. (A XVI. század közepétől az Ipolytól délre 120 község adózott a törököknek.) A településen egyetlen birtokost ismertek: Werbőczy Imrét, a nádor fiát.
A törökök 1552-ben támadták meg az egri várat, 1594-ben a nógrádit. Ugyanabban az esztendőben Pálffy Miklós és Tieufechbach Kristóf visszafoglalta.
Az ágostai hitvallású evangélikusoknak 1754-től volt templomuk — prédikátoruk név szerint Folcsák Pál volt (egy 1825-ben Kecsári Antal által írt könyv alapján). A török hódoltság alatt a lakosság házait a törökök fölgyújtották, és a templomot földig rombolták. Átmeneti felszabadulás után a törökök újra visszafoglalták Felsőpetényt, miközben már szlovák ajkú családokat telepítettek ide. Ezt követően a katolikusok a lerombolt templom alapjára építettek saját templomot. Miután a magyar hadsereg újra kiüldözte e vidékről a törököket, azt a templomot is földig rombolták. Azért nevezik azt a föld-részt puszta templomnak, mivel a második templom felépítése után lakóházakat nem építettek oda. (Katolikus temető lett.)
1754-től fogva az akkori prédikátorokat eltiltották a szomszéd helységekbe/gyülekezetekbe való kimeneteltől. II. József császár uralkodása alatt lett újra anyatemplomuk (1784). I. József császárnak két családja volt. Az első fiúgyermek, de tízéves korában járványbetegségben meghalt. Leánya, Mária Terézia 1717-ben született. 1736. február 12-én ment férjhez.
Mária Terézia 1780. november 30-án örökre lehunyta szemét (19 gyermeket szült, de egy sem a férjétől volt). 1780 őszén az első fiúgyermeke lett az uralkodó. Ezek után egy új korszak kezdődött. Több lelkes buzgó protestáns egyházi vezető személyesen felkereste II. József császárt, hogy szüntesse meg a korábbi tiltórendeletet. Ezt követően 1781. október 21-én meg is kapták az engedélyt, hogy templomot ill. templomokat építhessenek. De három feltétel mellett. Az egyik feltétel az 500 lelkes gyülekezet volt (Felsőpetény 672 lelkes volt). A másik: csak úgy volt szabad építeni templomot, hogy a templom bejárati ajtaja nem nézhetett az utcára. (Csak párhuzamosan volt szabad építeni az úttal.) A harmadik feltétel: csak torony nélkül volt szabad építeni templomot.
A mi templomunk tornyát a templom felépítése után 36 év elteltével, 1820-ban építették. Ekkor hunyt el II. József császár.
Kohári János írása alapján